Mục tiêu đào tạo chính của Khoa khoa học công nghệ thực phẩm biển là bồi dưỡng nguồn nhân lực có kiến thức khoa học cơ bản bằng cách tập trung vào nghiên cứu liên tục đối với các công dụng đặc biệt của các thực phẩm thủy sản, các đặc tính cơ bản của thực phẩm, sự phát triển và chế biến các loại thực phẩm khác nhau.

Khoa đào tạo kiến thức cơ bản về giá trị và chức năng của thực phẩm, cùng với việc gia tăng thực phẩm thủy sản, kỹ thuật vệ sinh an toàn, kiến thức cơ bản về chế biến, nâng cao chất lượng và nghiên cứu phân phối thực phẩm.

Ngoài ra, chuyên ngành này còn nghiên cứu quy trình phân phối thực phẩm, bảo quản an toàn nguyên liệu thô chưa qua chế biến, thay thế bằng vật chất mới, phát triển sản phẩm và công nghệ chế biến mới, cải thiện văn hóa ẩm thực. Cuối cùng, khoa còn nhằm mục tiêu rèn luyện, đào tạo ra những nhân tài có khả năng góp phần cải thiện sức khoẻ cộng đồng.